Los organismos autónomos en el país, cada vez más viven diversas amenazas que atentan contra su existencia y su funcionamiento. El presidente nacional de la Confederación Patronal de la República Mexicana (Coparmex), José Medina Mora, platicó en "Así las cosas en el Bajío" sobre el trabajo que han realizado estos “contrapesos”. Dentro de ellos destaca la división de poderes (Ejecutivo, Legislativo y Judicial), mismos que al identificar que alguno está trabajando fuera de lo establecido por la ley, trabaja para erradicar esa situación. Lo anterior facilita que el país avance, sin tener concentrado el poder en una sola parte o persona. Actualmente, se han observado cuatro vías de ataque de parte del gobierno a estos organismos autónomos:

1. Desaparecerlos

2. Nombrar a alguien para que obedezca al Gobierno

3. No hacer los nombramientos adecuados cuando alguien completa su ciclo

4. Restringir el presupuesto Además de las manifestaciones públicas que se están realizando para destacar la importancia de dichos organismos, señaló que también es importante la acción de la ciudadanía.